Солдат будит Хроно в его комнате и сообщает, что он нужен в Замке Гардии. После прибытия король Гардии XXXIII поначалу делает вид, что расстроен, но после говорит, что осведомлён о приключениях Хроно во времени. Доан, король Гардии XXI, и Кино возникают из-за престола, а Марл узнает, что они все её предки. После этого начинаются празднования по случаю нового тысячелетия и спасения героями будущего. На парад пришло большое количество людей, включая родителей Лукки и мамы Хроно. В конце концов, персонажи собираются в последний раз около Телепода, чтобы попрощаться друг с другом. Прежде, чем Ворота закрываются, мама Хроно вместе со всеми котами случайно попадает в портал и переносится в неопределенную точку во времени. Оставшиеся в настоящем герои вспоминают, что они всё ещё могут для перемещения во времени использовать Эпоху, чтобы найти маму Хроно; вскоре после этого охранник попросит Марл присутствовать у Колокола. Там отец Марл пытается установить Колокол Нади и нуждается в помощи. Однако персонажи решают, что жизнь без приключений им не мила, и оставляют отца Марл в затруднительном положении. Рассмеявшийся Табан запускает несколько фейерверков в то время, как Эпоха исчезает в ночном небе.

1. Если Хроно выиграл куклу Пойозо и собственного клона на фестивале ранее, то они будут показаны в комнате героя в момент, когда к нему приходит стражник.
2. По умолчанию, Пьер находится рядом с королем в замке. Если Канцлер был спасен во время выполнения квеста с Радужной Ракушкой, он будет вместо Пьера.
3. Лара будет стоять, а не сидеть, если Лукка спасла её в квесте «Лес Фионы»
4. Если вы взяли Магуса в команду, то он будет присутствовать в концовке (но в основном только молчать), ежели он мертв, то Фрог в концовке предстанет в человеческом облике.
5. Количество котов, прыгнувших во Врата, будет зависеть от того, сколько их было получено во время игры.
6. Если Эпоха использовалась для того, чтобы разбить панцирь Лавоса (то бишь, переместились в 1999 A.D. на машине времени), Хроно и Марл установят Колокол Нади и после улетят ввысь на воздушных шарах. Далее следует романтическая сцена, в которой Хроно и Марл плывут по ночному небу.

Все просыпаются в Конце Времен, кроме Хроно. Марл пытается уговорить остальных персонажей помочь с поисками погибшего героя, но все они предпочтут вернуться в свои родные эпохи. Марл поступает так же; когда все персонажи покидают Конец Времён, Гаспар замечает, что забыл рассказать команде о Яйце Времени. Далее, события переключаются на Moonlight Parade, где Марл празднует успешное завершение миссии по спасению мира. Позже она отправляется к Телеподу, где разговаривает с Луккой о Вратах. Внезапно Врата открываются, и из них выскакивают Фрог, Гаспар, Робо и Айла. Персонажи требуют, чтобы Гаспар отдал Яйцо Времени, но тот сматывается обратно во Врата. Прежде чем персонажи последуют за сбежавшим Гаспаром, они скажут Марл о том, что с помощью Яйца Времени можно воскресить Хроно. Врата закроются до того, как Лукка и Марл успеют пройти через них; стоило им только подумать о том, чтобы покинуть ярмарку и использовать Эпоху, Король Гардии XXXIII попросит помощи с Колоколом Нади. Ему удается повесить колокол до того, как Лукка и Марл покинут ярмарку, дабы с помощью Эпохи найти друзей, но он остается в несколько затруднительном положении. Появляется Табан и запускает несколько фейерверков в честь праздника. Эпоха проносится сквозь различные временные периоды, изображая несколько сцен. В конце Марл стоит на Пике Смерти, откуда видит тень Хроно. Она побежала к нему навстречу, после экран меркнет. Вариации: Если вы взяли Магуса в команду, то он будет присутствовать в концовке (но в основном только молчать), ежели он мёртв, то Фрог в концовке предстанет в человеческом облике.
Если Эпоха уничтожена, то концовка достаточно сильно меняется: Лукка из Телепода делает машину времени, с помощью которой переносит в настоящее всю команду, а после и Гаспара, который очень кратко и быстро объясняет, что такое Яйцо Времени и как им пользоваться. Все отправляются на Пик Смерти, за исключением Марл, которую Король Гардии XXXIII попросил помочь с Колоколом Нади. После того, как Колокол Нади будет установлен, Марл улетает на воздушных шариках. После, когда пойдут титры, Марл приземляется на Пик Смерти, откуда увидит тень Хроно и побежит к нему навстречу.

В этой концовке сотрудники компании, работавшие над игрой, поселятся в Конце Времён и будут с радостью готовы поделиться впечатлениями. Кто-то скажет пару слов о процессе разработки игры, а кто-то просто пошутит или вставит случайную фразу. Каждый портал ведёт в небольшое помещение ещё с несколькими разработчиками. После того, как игрок переговорит со всеми, кто находится в Конце Времен и в каждом из порталов, Гаспар разрешит игроку войти в комнату Спеккио, где расположилась Dream Team. Они отметят, что титрам следует пройти со скоростью, соответствующей стилю игры; после этого титры проходят с огромной скоростью и всплывает классический “The End”.

Хроно и Марл возвращаются на Ярмарку Тысячелетия, где они замечают, что люди при виде принцессы хихикают и говорят о ее “маскировке”. Марл отправляется во дворец, где подозрительно прыгучий и квакающий Король Гардии XXXIII замечает, что нашел старую свадебную пленку. Марл приходит в ужас, узнав, что Фрог женился на Королеве Линн.

Концовка из разряда "ни о чём". Nu, Kilwala и одна из Bullfrogs дурачатся. Как это связано с комедийной мангой от V-Jump - остаётся только гадать.

А эта — из разряда "какого чёрта". Во-первых, Робо и Атропос в будущем копируют Хроно и Марл в начале игры. Далее выясняется, что Тата действительно является истинным героем, которому суждено сразить ужасного колдуна Хроно и его приспешников Марл и Лукку.

Концовка покажет сцены, которые игрок пропустил, победив Лавоса на этом этапе. Они в себя включают: Команда Хроно появляется из Врат в Medina, Магус и его воины, Айла и Кино преследуют Рептитов, Фрог в Проклятом Лесу, Король Гардии и Линн, и бегающий по экрану Робо.

Не в меру пустая концовка. Вместе с титрами показываются спрайты различных персонажей. Единственный интересный момент – появление спрайта мужчины Зил, не использованного в основной игре.

Действие начинается в доме Лукки, где персонажи отдыхают после всех приключений. Фрог встает и уходит, говоря, что у него осталось одно незавершенное дело. События после переключаются на Замок Магуса, где Фрог с боем прорывается через Мистиков и вскоре добирается до Магуса. После обмена словами они сражаются. Экран меркнет, и на фоне титров звучат заклинания и звон стали. После снова показывается Замок Магуса снаружи, на вершине которого виден силуэт победителя.
Один из официальных артов иллюстрирует момент, когда Фрог спотыкается о стопку книг в доме Лукки.

События концовки точь-в-точь повторяют события начала игры, только вместо персонажей и главных героев будут Рептиты.

Концовка начинается с того, что Фрог смотрит на статую Магуса. После события попеременно показывают то Пророка, направляющегося в Подводный Дворец, то героев, живущих своей жизнью. Эта концовка содержит наиболее известную фразу Магуса: [Magus] If history is to change, let it change! If
the world is to be destroyed, so be it!
If my fate is to be destroyed...
I must simply laugh!!

Марл и Лукка начинают слайдшоу, во время которого они вспоминают о приключениях, но вскоре слайдшоу перерастает в девчачьи разговоры и мужчинах. После вбегает Хроно и произносит (!) свою единственную за всю игру реплику: Crono: What ARE you two doing?!
I thought you said something about a
nice little slide show?

Эту концовку можно получить, погибнув в битве с Лавосом. События, в которых он уничтожает мир, будут показываться со стороны начальника Купола Перемирия. Он остаётся у пульта управления в то время, как Купол начинает рушиться. В конце планета становится серой, и на её фоне появляется знаменитая строчка: «...But the future refused to change.»

Сама по себе это не концовка, но она отличается от типичного Game Over. После того, как герои погибают от руки Магуса в его замке, он поворачивается к статуе и довершает начатое. Экран меркнет и звучит рёв Лавоса.